Die wissenschaftliche Erstbeschreibung der Gelbhalsmaus erfolgte im Jahr 1834 durch den deutschen Naturforscher Heinrich Christian Melchior unter dem Namen *Mus flavicollis*. Als Typlokalität für die Beschreibung dienten Exemplare von der dänischen Insel Seeland (Sieland).[2] Das Art-Epitheton *flavicollis* setzt sich aus den lateinischen Begriffen *flavus* (gelb) und *collum* (Hals) zusammen, was auf die charakteristische gelbe Querbinde im Kehlbereich des Tieres verweist.[2][1] Taxonomisch wird die Art heute meist in die Gattung *Apodemus* und dort in die Untergattung *Sylvaemus* gestellt.[2] Neuere molekularbiologische Studien und einige Fachpublikationen schlagen vor, *Sylvaemus* als eigenständige Gattung zu führen, weshalb die Art in technischer Literatur auch als *Sylvaemus flavicollis* bezeichnet wird.[2][1] Historisch wurde die Gelbhalsmaus lange Zeit taxonomisch eng mit der Waldmaus (*Apodemus sylvaticus*) assoziiert, bevor kraniometrische Analysen in den 1960er und 1970er Jahren sowie spätere genetische Untersuchungen die Eigenständigkeit bestätigten.[2] Die evolutionäre Trennung von der Schwesterart *A. sylvaticus* wird auf einen Zeitraum vor etwa 2,2 bis 3,5 Millionen Jahren datiert. Die Art gilt derzeit als monotypisch, ohne formal anerkannte Unterarten, obwohl genetische Differenzierungen zwischen europäischen und nahöstlichen Populationen nachweisbar sind. Systematisch gehört die Gelbhalsmaus zur Familie der Langschwanzmäuse (Muridae).[2]
Die Gelbhalsmaus (*Apodemus flavicollis*) ist ein schlankes Nagetier mit einer Kopf-Rumpf-Länge von 95 bis 135 mm und einer etwa körperlangen Schwanzlänge von 77 bis 130 mm. Das Körpergewicht adulter Tiere variiert saisonal und altersabhängig zwischen 14 und 46 g, wobei der Durchschnitt meist im Bereich von 26 bis 38 g liegt. Das Fell ist auf der Oberseite rötlich bis kastanienbraun gefärbt und bietet eine gute Tarnung im Laubstreu. Die Unterseite setzt sich scharf abgegrenzt in reinem Weiß von der Oberseite ab.[1][3] Ein entscheidendes Bestimmungsmerkmal ist das durchgehende, gelbbraune Querband auf der Kehle und Brust, welches der Art ihren Namen verleiht.[1] Der Kopf zeichnet sich durch große, hervorstehende Augen und große, abgerundete Ohren aus, die das Tier als nachtaktiven Kletterer ausweisen. Der lange Schwanz ist zweifarbig, oberseits dunkler und unterseits heller, und weist eine Struktur aus 180 bis 220 Hautringen auf.[1][3] Die Zahnformel entspricht mit insgesamt 20 Zähnen (1/1, 0/0, 0/0, 3/3) dem typischen Muriden-Gebiss, wobei die breiten Jochbögen eine kräftige Kaumuskulatur unterstützen.[3] Im Vergleich zur sehr ähnlichen Waldmaus (*Apodemus sylvaticus*) besitzt *A. flavicollis* eine breitere interorbitale Einschnürung und größere Molaren. Ein weiteres mikroskopisches Unterscheidungsmerkmal ist das ausgeprägtere Cingulum am ersten oberen Backenzahn. Es besteht ein leichter Sexualdimorphismus, bei dem Männchen durchschnittlich 3 bis 4 % größer und bis zu 10 % schwerer als Weibchen sind. Die Hinterfüße sind mit durchschnittlich 22 mm relativ lang und mit scharfen Krallen versehen, die das Klettern an Bäumen erleichtern.[3] Jungtiere kommen nackt und blind zur Welt und öffnen ihre Augen nach etwa 14 Tagen.[1][3]
Die Gelbhalsmaus (*Apodemus flavicollis*) wird im Pflanzenschutz überwiegend als Forstschädling klassifiziert, erfüllt jedoch ökologisch eine nützliche Funktion als Samenverbreiter in Waldökosystemen.[1][2] Typische Fraßschäden treten an Samen, Waldfrüchten, Knospen, Jungtrieben sowie der Rinde von Bäumen auf.[1] In landwirtschaftlichen Kulturen können die Nager in Obst- und Nussplantagen durch den Verzehr von Sämlingen und jungen Bäumen wirtschaftliche Verluste verursachen und den Erfolg von Aufforstungsmaßnahmen beeinträchtigen.[2] Während der Wintermonate dringen die Tiere gelegentlich in menschliche Gebäude, Vorratslager und Nebengebäude ein, was sie zu Lästlingen im häuslichen Umfeld macht.[1][2] Eine signifikante gesundheitliche Bedeutung kommt der Art als Reservoirwirt für Zoonosen zu.[1] Sie fungiert als Hauptwirt für *Borrelia burgdorferi*, den Erreger der Lyme-Borreliose, sowie für Hantaviren wie das Dobrava-Belgrad-Virus.[1][2] Die Übertragung von Krankheitserregern wird durch Ektoparasiten wie Zecken, Flöhe und Milben begünstigt, die die Mäuse befallen. Zur Überwachung der Bestandsdichte werden in wissenschaftlichen Studien vorwiegend Lebendfallen eingesetzt, wobei Populationsspitzen oft eng an Mastjahre von Eichen und Buchen gekoppelt sind. Zur natürlichen Regulation der Populationen tragen Prädatoren wie Eulen, Marder, Füchse und Hauskatzen bei. Die Art wird auf der Roten Liste der IUCN als nicht gefährdet („Least Concern“) geführt und unterliegt keinen speziellen gesetzlichen Schutzbestimmungen, die eine Bekämpfung im Schadfall ausschließen würden.[2]